모두가 꿈꾸는 슈퍼 히어로가 현실에 나타나는 주문이 있다면?
“당신은 이제 가장 위대한 영웅 ‘캡틴 언더팬츠’가 됩니다!”

모든 아이들의 웃음과 자유를 지키기 위해 장난을 치는 꾸러기 ‘조지’와 ‘헤럴드’.
 ‘희망은 이 곳에서 죽는다’는 모토로 살아가는 ‘크럽 교장선생님’에게 장난치다가 발각된 두 사람은
 다른 반으로 배정될 위기에 처하자 이판사판으로 ‘캡틴 언더팬츠’로 변하는 주문을 건다.
 두 장난꾸러기의 주문이 통하자 ‘크럽 교장 선생님’은 만화 속 슈퍼 ‘언더팬츠 히어로’로 변신하고
 끊임없이 사건사고를 만들어 ‘조지’와 ‘헤럴드’의 혼을 빼놓는다.
 한편, 겨우 ‘캡틴 언더팬츠’와 함께 지내게 된 두 사람 앞에 새로 온 ‘푸피팬츠 선생님’이 나타나
 거대한 음모를 드러내기 시작하는데…